隋代派员多次至台“求访异俗”，如其“药同于江表”，并详记台民“妇人产乳，必食子衣，产后以火自灸(炙)，令汗出，五日便平复”风俗习惯。此俗收入《隋书》、《杜祐通典》等，并由唐·陈藏器正式收入《本草拾遗》，此后多为历代本草学者所肯定，从而得到广泛流传与发展。
唐宋时期，有关医药交流疏于文献记载，但官府的、民间的以及酋豪尝串众至福建沿海互市或杀掠者时时有之。继元之后，往来者日众。公元1372年，明太祖命杨裁以即位建元诏告台之中山王，中山王派遣弟泰期等随杨载入朝贡方物，明太祖喜赐大统历等。从此，中山王多次遣弟向明朝贡物，除马匹外，多有硫黄、各种药材等，逐渐扩大到南山王与北山王，均与明朝建立了密切的关系，并各贡方物、药材等，文化交流日益密切。其间除官府之药物交流外，1390年还曾发生翻译屋之结等人私带乳香十斤、胡椒二百斤被查获之事，部门官要求“当入官”，明太组则“诏还之”，而且“赐屋之结等六十人钞各十锭”。可见明朝当局对与台交往之重视。
永乐间(1403～1424)，大陆去台之百工技艺日新增多。其中自然包括医师、药工人员在内。黄叔璥《台海使槎搓录》记述此期“百工技艺，有挟一拉以往者，虽徒手无不得食，民争趣之，永乐间，先后招来”。可见大陆技术人员曾相继往台以谋生计与出路。民间商贸也日渐频繁，而且远航山东、关东者。例如：“海船多漳、泉商贾，……至山东贩卖(台湾之)粗细碗碟、杉、糖、纸、胡椒、苏木，回日则载白蜡、紫草、药材……，至关东贩卖乌茶、黄茶……回日则载药材……”等等。由此可见，两岸之药材已互通有无了。
郑和出使西域，随从费信，曾撰《星槎胜览》(1436)，他们所记述之台湾“酿甘蔗为酒。煮海为盐，能习读中国书，好古画、铜器，作诗效唐体”。这是由于明代台湾之陪臣子弟与凡民之俊秀者，已习读中国书以备他日长史、通事之用。同时也说明台湾知识界、官方与大陆几无差异，公元1591年，台湾礼官以日本方侵噬邻境，台湾不可无王(尚永王卒)，乞令世子速请袭封，于1595年尚宁请袭得皇上仁覆封王。郑和船队在台期间，还将姜移栽夙山(今高维)，故有“夙山县有姜，名三保姜，相传明初三保太监所植，可疗百病“之说，林谦光《台湾纪略》记述台湾当时居民“疾病不足医，辄浴于河，言大士置药水中，济度诸番，云冬月亦入水澡浴以为快”。有传大士为郑和者。
陈侃，嘉靖进士，奉旨使台，由于台海风浪，随从溺死者数而未果。嘉靖十一年（1532），封尚清为中山王，特遣正使科左给中陈侃，陈侃居台多时，回来后于1534年撰《使琉球录》，载乘之船长15丈，阔2.6丈，深1.3丈，分为23舱。其驾舟民140余人。护送军百余人，翻译、礼仪、医生及各色匠役百余人，可见阵势之壮观，医生人等之多，必对台有较大影响。接待也以“洪武礼制……数代相承，不敢违制”。
清代与台地之文化交流，更加广泛。特别在18世纪前后之百余年间，礼尚往来、贡物遣使者年年不断，台湾已成为福建省的一个府。顺治年间，张学礼曾使台湾，在其《使琉球纪》中说：“补差天文生李光宏、太医吴燕时，聘请从客陈翼等”、“船上下三层，阔2.2丈、长18丈……兵丁250余名，长随50余名”，比之明代之乘船更加安全，人员中已不是一般医生，而是太医，可见人员索质已有明显提高。在药材等交流方面更强调实际需要，康熙五年(1666)，对并非台湾之土产者免其进贡。康熙二十五年(1686)，台地向中央贡物中有：丁香30担，冰片32斤，甜肉豆蔻四瓮。镶金小箱内，装有丁香油、蔷薇油、桂花油备一罐，知其香料药物之档次也进一步提高了。台地之医疗技术，如“台地村舍后每广植(蕉)之”指出“性寒，妇人产后，每以蕉果少许，置儿口中，谓能清热”，“用火炙椰，其油自出，疗齿痛冻疮极放”，也相继为大陆学者所沿用。如《本草纲目拾遗)引《台湾使槎录》资料等，以“椰油”入药。又该书列香蕉为药。称《本草纲目》“于香蕉独未明晰，今依《粤志》补之”。虽然赵氏叙述香蕉条源于《粤志》，但所述内容与台地相似，亦可说明其源渊关系是密切的。
四、荷兰据台时期的医学
荷兰人于1624年侵入台湾，为了驯服当地土著居民，协助其开发、掠夺岛上资源，借传教从事其抚化政策，并以医疗作为传教的先导。荷兰人入台之后，修筑热兰遮城为己用，城内设有总督官邸、士兵营房、教堂、监狱、库房和医院。这个医院主要从事驻台荷兰人的保健医疗。翌年，荷兰人又在赤嵌(今台南市一带)建立市衔、名普罗民遮，将中国人迁往该地，建民居住，并建立仓库与医院。西班牙人窍据台湾仅16年(1626～1642)，在此期间，天主教神父在传教的同时，以医学作为接近原居民的工具，为当地人治疗疟疾与天花。这种以商业掠夺为根本目的的医疗事业，随着荷兰人及西班牙人撤出台湾而消失。
五、台湾早期的教会医学（1865～1895）
台湾如中国本土一样，现代医学的开端系来自西方基督教士的医疗。诚如上述，17世纪荷兰人曾带进了西方医学，但当郑成功驱逐了荷兰人。西方医学也随之消失，至1865年英国医师马雅各来台从事医疗传教，才将西方医学再次植入台湾。19世纪最后的30年是台湾近代医学史的关键时期。马雅各、马偕、兰大卫是三位最重要的早期教会医师，他们的医疗活动不限于这时期内，与他门相关的三所医院，至今仍在为台湾患者服务。
(一)马雅各和新楼医院
马雅各医师(dr.jameslaidlowmaxwell，?～1921)是英国基督教长老会外国宣道会派驻台湾的第一位宣教士和医师。其毕业于英国苏格兰爱丁堡大学，获文学士又医学博士学位。1865年5月与另一牧师偕同中国助手吴水文、黄嘉志等人抵达台南，在台南府城西门外设布道所。于6月16日开始传教及医疗工作。后因故移至打狗旗，设立礼堂及医馆，继续行医，并扩充了病房，可容纳10名左右住院病人，是为台湾设立医院的滥觞。1868年底，马雅各医师返回台南，租借二老街口许宅设立医馆，就是后来的旧楼医院，此时，马雅各医师已谙台语，并热心医疗工作，深受患者信任，名声远扬，上门求治者很多。
(二)马偕博士与马偕纪念医院
马偕博士(rcv.gcelesliemackay，1844～1901)是加拿大人，毕业于美国普林斯顿神学院。1873年作为加拿大长老教会第一位海外宣教师来到台湾，1872年挑选淡水作为传教的根据地，先租用了一间民房，医疗工作即在家里进行。当时疟疾在台湾肆虐，罹此病者死亡众多。最为人所恐惧。马偕当时主要是免费为患者提供治疗疟疾的特效药——奎宁，被当地人称为“马偕白药水”。各地民众白名前来求诊者日众。因房子狭小，不能变付，遂另设医馆。马偕虽原来并非学医，但深知医疗对于传教的重要性。他除了自修医学以外，邀请淡水五洋行的驻诊医师来医馆协助诊疗，并传授医疗技术，在医疗实践中逐渐积累丰富的医药知识和临床经验：
马偕博士在医学上的贡献除了施疗治病，为患者解除病痛之外，最值得一提的是他在林格医师(dr.b.s.ringer)发现人的肺吸虫后，推定了肺吸虫的传染途径。林格是淡水五大洋行的驻诊医师，也是对马偕博士医疗工作帮助最大的医师，曾在马偕的医馆中服务了7年。林格医师于1879年在淡水解剖一因主动脉瘤破裂而死的葡萄牙人尸体时，在其肺脏组织中检出一圆形“豌豆状”的寄生虫。该葡人原为厦门曼松医师(dr.manson)的病人，遂将该虫送去求证，曼松认为是吸虫。翌年，曼松在来自台湾之福建人患者咳出的红色痰中检出虫卵，因此一并将成虫与虫卵送往伦敦之cobbold请求鉴定，cobbold认为该虫为未知之新虫，在1880年命名为disteri即今之paragonimuswestrmani。林格医师发现首例寄生于人体的肺吸虫后，马偕博士便开始寻求“肺吸虫”侵入人体的原因。发现台湾民众嗜食淡水螃蟹而感染的事实。近代寄生虫学研究证实马偕博士当初的推断是正确的。
(三)兰大卫医师和彰化基督教、医院
兰大卫医师(dr.davidlansbh，1870～1957)是英国人，1890年于格拉斯哥大学毕业，获文学硕士学位。因立志从容医疗传教，又送入爱丁堡大学学医，1895年毕业，获医学士学位，同年受英国基督教长老会海外传道会派遣赴台湾从事医疗传教。抵台之初，兰大卫在台南旧楼医院协助安彼得院长看病，并施行大、小手术。1896年10月前住彰化，会同梅甘雾牧师(rev.)等设医馆。11月29日即以教会作为诊所开始医疗及传道。当时，医院没有固定名称，彰化地区的人称之谓“兰医馆“，外县市的人则称它为彰化医馆。医馆的设备极为简陋，遇到需要开刀的病人，也仅能以竹床当做手术台，施外科手术。因为没有护理人员，兰医师还要彻夜照顾病人，天又要看门诊或骑自行车出诊，工作非常辛劳。于兰大卫医师手术高明，病人愈来愈多，兰医师一人实难付，遂聘请自大社前来协助，还收了五位学生帮助医疗护理工作。此后，每天晚上医疗工作结束后，还要教导学生学习解剖生理等医学知识。因为受当时社会观念的限制，不可能解剖尸体，只能用猴子代替，这是台湾现代医学教育的开端，他的学生中不乏日后成为一代名医者，如高在得、颜振声、林进生、王光胆等人。
1912年，已在彰化渡过了17个寒暑的兰大卫医师与英籍女宣教师连玛玉(missmajrielearner)结成连理。婚后，夫妇二人同心协力，不辞劳苦地服务于众多中国患者。兰夫人曾有为中国患儿捐献皮肤的感人事迹。1936年兰大卫医师年届65岁，退休离开了他服务40年的彰化基督教医院返回英国。
六、日本占领时期的台湾医学
(一)日本占领时期之中医药学
日本汉方医学源于中医药学，中医药学传入日本已有干余年历史，在日本曾有过巨大的发展，为日本人民的保健医疗作出了卓越的贡献。公元1868年，天皇睦仁实行明治维新，在医药卫生方面，祟尚追求西方医学，轻视排斥汉方(即中医)医学，取缔已有百年历史的江户医学馆，停办汉医学校、医学馆与医学所，用西医课程考试汉方医师之执业资格。汉方医界虽尽力进行救亡抗争，但终因政府支持灭汉兴洋而成效甚微。虽然汉方医界前仆后继，持续不断斗争了半个多世纪，也未能争取一个合法的地位。
日本于1895年占领我台湾之时，正是日本汉方医学在政令和法律的强制下，已经失去了继续公开抗争的余力。从而步入日本汉方医学发展史上最黑暗的历史时期。台湾中医界在日本的殖民统治下，虽然也多次请求，但终难逃免被公然取缔的命运。台湾之中医药学步入了医师逐年减少，而药店、药业人员逐年增加的畸形发展。本世纪二十年代台湾，可以执业的合格医师数虽有上升，这与昭和年间日本汉医团体之再度崛起，其活动也波及台湾，有着比较密切的关系，然其最重要的因素还是中华民族对自己传统医学信赖的社会基础。现将日本统治台湾的三次有关中医药统计情况列下：
1897年日本占领台省之统计：当时有中医1070人，据当局分析，富有声望者29人，通儒施医者91人，自称祖传者97人，其他均为一般时医，占80%左右。
1901年，日本占领者对台湾中医进行考试(按：日本明治维新对其本土之汉方医生举行考试，主要考西医，其目的是将中医改造成为西医，为消灭取缔中医的一种手段)，然而申请报考者竟多达2l26人，经过考试及格者仍有1097人之多，可见我台省中医界求生存竞争之烈。加上未经考试而有许可证者650人，以及考试不及格但给予同情许可证者156人，因此，台湾本世纪初，有合格中医师1903人。此后，日本为了在台湾推行其消灭中医的政策，不再举办中医考试，从此，中医绝了后来者，三十多年间，中医师只能年年减少，乃至完全消灭。
1931年，日本昭和六年末，当局对我台省各地之医药情况进行了比较系统的调查统计，有医药人员共3l61人，其中本岛人之医生325人，经营中药者2519人，经营洋药者112人；内地人之经营中药者17人，经营洋药者179人；外国人之经营中药者9人，医生共计325人，仅占药物经营者2836人的11.5%，而且这些医生均集中在台北、新竹、台中、台南，而澎湖、花莲港与台东竟无医生，这完全是日本占领者在台推行其消灭中医政策的典型恶果。到1945年台湾回归时，台省持有许可证的中医仅存10人，台湾中医濒临被消灭的境地已可见一斑了。《台湾皇汉医界》第51期编后记称：“查去年台湾总督府所谓之全岛汉药业者，有2545人之多，而洋药业者才有291人也。由是观之，足悉我台民之信用汉药者较之洋药者尚众，然与药最有关联之医生，据同年所调仅残325人而已。灵效之汉药，鉴近虽有中兴之势，而汉医竟归于衰落之途，良可慨也”。
台湾中医药界之救亡斗争：如果说日本占领台湾之初出于政治之考虑，在消灭中医方面尚不如在其本土那么明目张胆，台湾中医所感受的压力还不迫切。然而30年过去了，老年中医相继离世，而不能有任何后继者补充，中医界终于感受到形势之严重，在昭和初日本汉医学界又一次组织学会，与当局进行救亡斗争的影响下，也开始组织学会，创办杂志，动员社会力量，与当局进行说理斗争，争取中医后继人才的培养与合法地位。
在日本统治下的台湾，约与日本“东洋医道会”“皇汉医道会”创立同年，台湾陈茂通氏等，联络东京之医道会，在台创设支部，陈任支部长，由东洋医道会台湾支部发行《台湾皇汉医界》月刊，现仅摘其若干论文之要略，可知台湾中医救亡斗争之状况与结果，林彭辉以《论汉医药将来当有发展可观》为题指出：汉医被日本国法禁止，“然岛民久信汉医，惯用汉药。……”并对当局请愿运动，靡不竭力奋斗，“废餐忘寝，以期保存国粹”。“所最憾者，政府无设汉医学校”，”切望当局诸公，早鉴现代之趋势，俯察下情，急筹设法，俾国粹昌明，共登寿域”。然而终未能对日本当局消灭中医之既定政策产生任何影响，我台省中医因在日本近半个世纪的殖民统治下，已基本上破取缔消灭了。
随着时间的推移，中医已日渐减少，西医之培养由于受到当局的支持，毕业者渐多，加之日本学者到台，关注中药研究者渐多，对于中医或有倡导中西汇通之研究者，则续有发展。然亦议论多而甚少实际研究者。例如，陈寄生以《汉西医药均须研究说》为题，叹“吾台精于汉医者固多，然能取西法参而用之者，寥苦辰星”，他佩服陈好敕“先生不但汉医精微，对西法之潜心研究，实有出人意外者”，他希望“人人能如好敕先生，则吾台皇汉医道之发达，定能昌大其将来世”，在这一思潮影响下，一些中医由于当局限制消灭中医的政策所迫，由钻研中医学问转而学习西医，以谋出路。史实说明，由于当局并无支持之意，这种希望只能成为学者们不能实现的幻想。
日据时期台湾著名中医师：台湾在日本侵占之初，中医队伍还很壮大，且不乏医术高明之士。据有关文献收载综合其知名者约60人，比明清之知名者高出倍余。现仅举其代表人物简介如下：
吴得福(?～1895)，台北大安庄人，吴氏崇尚道教，兼通医药，治病多效，名闻乡里。公元1895年日本派军侵占台湾时，他便参加了抗日运动，不幸于同年8月31日为日军所俘，竟公然被判处死刑。吴得福不堪狱中虐待而自杀。
丁宝鋆(1874～1911)，字锡奎，号士庄，赋性聪敏，为人厚道忠诚，勤于攻读，博采群书，年21岁因反抗日军占领台湾，随兄到泉州避难，适逢科期，乃报名应试，及第庠生。不久，于光绪二十四年(1898)回到台湾，此时台湾鼠疫流行，死者甚众，他触景伤情，发奋攻读医书，得张仲景《伤寒论》与《金匮要略》朝夕诵读以求明医之理，其后又钻研《黄帝内经》与《难经》等经典医籍，对医理与临床诊治经验的积累日丰，治疗效果也不断提高，人谓“手出药方，多见奇效”。他医德高尚，不收谢礼，惜年仅37岁而终。
黄瑶琨(1874～1925?)，号青华，著名中医黄玉阶之介弟，少时学习岐黄之术，年长后医术更精，1897年毕业于国语学校第三附属速成科。后入“本省人医师养成所”肆业，适逢该校改为医学校，成为该校的第一届毕业生，是为台省人最早的西医师，任台北医院医务助手，工作三年后辞职，自己开设“日新医馆”。后又任台中厅员林公医，于1914年返回台北，再次在大稻埕悬壶问世，并对地方公益事业多所贡献。
杨棕(1881～1932)，彰化街(今彰化市)人，字炳棕，其高祖于清代中期迁居台湾鹿港棋盘厝，1888年移居彰化街西门。祖父杨地富，父亲杨安坐，均以医为业。杨棕为安坐之长子，继承父、祖之遗志，在彰化悬壶济世，很受群众敬重，1900年杨棕创办“杨棕医院”，求医者日众。杨氏医德高尚，若有贫寒者就医，不但不收药费，有时还自备出诊轿车往治，甚至遇有不治之病患，死后无力埋葬者，他还赠予棺木等费用。1930年为了满足需要还扩建贫民病房10余间，收治贫民患者住院治疗，改“杨棕医院”为“璜溪医院”，扩大了诊治范围，由此名闻遐迩，北至新竹，南到嘉义，叩门求医者络绎不绝。
尤子樵，台北人，初学儒，后跟台湾著名中医学家黄玉阶攻读岐黄之术，特别对慢性疑难病症颇多治验，与当时名医鹿港乾、叶炼金齐名。尤以妇科、伤寒之病症，每因中西医诊治罔效者，经他施治多转危为安，被誉为台北首屈一指的中医。