1697年（康熙三十六年），圣祖在向噶尔丹招降无效后，决定进行第三次亲征。将兵分两路，圣祖亲至宁夏，进抵狼居胥山，时噶尔丹内部已众叛亲离，身傍不足百人，又无驼马牛羊，饮食几尽，余众皆怨声载道，噶尔丹走投无路，一筹莫展，于1697年（康熙66年），走死阿察阿穆塔台。

噶尔丹败亡后，由其侄策旺阿拉布坦统治西蒙古地区。策旺阿拉布坦是僧格次子，1688年（康熙二十七年），噶尔丹为巩固其统治欲加害于他。策旺与僧格旧属率领部众5000人逃往额琳哈必尔噶，以博罗塔拉为根据地，招纳准噶尔部众，收并土尔扈特部1500户，不断扩张自己的实力，并取得清朝的信任和支持，与噶尔丹相对抗。圣祖亲征时，策旺阿拉布坦又乘机占领伊犁河流域及阿尔泰地区，自立为汗。他在平定噶尔丹之乱中，积极配合清军派兵夹击噶尔丹，要擒获噶尔丹，使噶尔丹处于腹背受敌、进退维谷的绝境。清朝之所以能迅速平定噶尔丹的扰乱，也是与策旺阿拉布坦占领噶尔丹的大后方、堵绝其归路分不开的，故策旺在清朝平定噶尔丹之乱中有很大作用，受到清朝的支持和赏赉。

策旺阿拉布坦统治西蒙古地区后，清朝将噶尔丹重要部属及准噶尔部旧游牧区赐给他，使之实力大为增强。优越的客观条件使策旺的欲望不断膨胀，他除统治新疆外，并企图染指青海，受清政府劝阻，计谋未能得逞。后又吞并土尔扈特部散札布属部15000余户，征服回疆。

1698年和1699年（康熙三十七、八年），相继出兵哈萨克，夺取额尔齐斯河两岸及哈萨克草原的大片地方，势力伸张至锡尔河下游（今哈萨克斯坦共和国境内），准噶尔达到最盛时期。

策旺阿拉布坦统治时期，对外采取抗击沙俄政策，与沙俄侵略军进行针锋相对斗争。当时，沙俄已侵占了准噶尔的很多游牧地和属地，被准噶尔部队阻遏在今克拉斯诺亚尔斯克至鄂木河河口一线以北，以南为准噶尔所控制。但沙俄侵略者贼心不死，仍不断派人至策旺阿布坦处进行威胁利诱，提出各种无理要求，遭到策旺的严词驳斥。

1715年（康熙五十四年），沙皇派遣以布赫戈利兹为首的一支3000人的侵略军，侵入准噶尔亚梅什地区，建立军事要塞。策旺阿拉布坦闻讯后，即于1716年（康熙五十五年）二月派遣大策凌敦多布，率领1万人队伍，将侵略军团团围困，进行猛烈攻击，敌人伤亡十分惨重，由侵略据点托穆斯克派遣的增援部队亦被卫拉特军捕获，最后只剩下700人狼狈而逃，是为著名的亚梅什湖之战。1720

年（康熙五十九年），策旺阿拉布坦之子噶尔丹策凌，又率领两万军民，击退了入侵斋桑湖一带的利哈列夫沙俄侵略军。策旺阿拉布坦并不断派人到被沙俄侵占地区的属部，征收实物税，和沙俄殖民当局进行坚决的斗争。后来，沙俄又多次派遣使者，1772年派遣以翁科夫斯基为首的使团等，至策旺阿拉布坦处，对他进行威胁利诱，要其让与领土，承认自己是俄国臣民，遭到策旺阿拉布坦拒绝，并与之进行坚决斗争，沙俄侵略阴谋终未能实现。

策旺阿拉布坦对内采取逐步扩充实力政策。初，他为仰仗于清朝支持，和清朝保持友好睦邻关系，待实力强大后，和清朝反目。

1715年（康熙五十四年），他借故袭击哈密驻地，被清军击退，与清朝关系破裂。与此同时，他为了与早先迁于青海西藏的和硕特部拉藏汗争夺对西藏的统治权，乃于1716年（康熙五十五年）十月，派大策凌敦多布率6000人进军西藏，袭杀拉藏汗，肆意杀掠，破坏寺庙，使当地的社会经济受到严重破坏，因而很不得人心。

1720年（康熙五十九年），清军向西藏进军，兵分三路攻入拉萨，把策旺阿拉布坦所遣军队逐出昆仑山，进驻西藏，并于1727年（雍正五年），正式设立驻藏大臣，完成重新统一西藏的事业。

策旺阿拉布坦入侵西藏的失败，使他受到沉重的打击。他遣使清朝表示重归于好，要求恢复与内地的贸易，划定与喀尔喀蒙古的游牧界线，清朝政府接受其要求。

1727年（雍正五年），策旺阿拉布坦去世，其子噶尔丹策零继位。在其统治初期，和清的关系一度很紧张。他愤于清朝借口其未立即押交罗卜藏丹津事遣军“兴师问罪”，而派宰桑玛木特率军两万袭击清驻外蒙古地区科舍图卡伦，驱赶驻马，遭到清西路军的反击而败退。

1731（雍正九年）六月，噶尔丹策零以少数军队拖住西路军，并散布流言，制造假象，迷惑清军，将主力埋伏山谷，设计诱清军深入，使西路军傅尔丹等遭到伏击，在和通淖尔又遭准军袭击，伤亡惨重，败退科布多，史称和通淖尔之战。

噶尔丹策零获胜后，踌躇满志，不断向科尔多附近喀尔喀蒙古地区的清军和蒙古军驻地进犯，皆被击退。他一方面派人潜入喀尔喀蒙古煽动他们背叛清朝，另方面又作好大举入侵喀尔喀蒙古的准备。1732年（雍正十年），他在侵犯哈密塔勒纳沁失败后，令小策凌敦多布以3万兵力，大举进犯察罕瘦尔喀尔喀蒙古游牧地，并偷袭喀尔喀蒙古亲王额驸策零牧地，掠夺其妻孥和牛羊数万。额驸策零复仇心切，乃连夜间道而行，以雷霆万钧之势，突袭准部，使其猝不及防，尽弃驼马鞍和军需品，逃窜至杭爱山东鄂尔浑河畔额尔德尼召地区，又遭额驸策零伏兵，在背水而阵的满军与河北伏于山侧的蒙军的袭击与配合下，准军四散奔逃，损失惨重，死伤近万人，准军的有生力量和牲畜、财产丧失殆尽，部众怨声载道。

1733年（雍正十一年），噶尔丹策零在大势已去，无法与清相抗争的情况下，不得不向清朝求和，要求与喀尔喀蒙古划分游牧界限，表示各守地界，互相修好。

清朝自噶尔丹以来，连年用兵，消耗了大量的人力、物力和财力，弄得精疲力尽，国库空虚，元气大伤，亦不愿再争战下去、而急于谋求休养生息，恢复和发展关内经济，故同意和解建议，并接受噶尔丹策零的要求，遣使至准噶尔部，商订与喀尔喀划分界约。经过多次商谈，终于在1739年（乾隆四年）冬，正式达成协议。协议具体规定了双方交界处各自的游牧地，大致上以阿尔台岭为界，厄鲁特人在山后牧放，喀尔喀蒙古在山前游牧。自此，准噶尔蒙古与喀尔喀蒙古相安无事，他们又恢复和加强了互相之间的贸易，密切了经济联系，商队和使节络绎不绝。

1745年（乾隆十年），噶尔丹策零病故。准噶尔内部为了争夺统治权，又陷入争权夺利的内讧，各封建主互相倾轧，内战纷起。

噶尔丹策零卒后，其次子策妄多尔济那木札勒因“母贵”继位，但他荒淫无道，暴虐人民，被部众废弃。1750年（乾隆十五年），部众拥戴噶尔丹策零庶长子喇嘛达尔札为首领。他在位期间，对内和清政府保持密切联系，对外面临咄咄逼人的沙俄侵略势力，采取了坚决抵制的态度，和沙俄相对抗，成为沙俄继续南侵的障碍。

1752年（乾隆十七年），沙俄派人欲收买和硕特拉藏汗之孙阿睦尔撒纳和准噶尔部大策凌敦多布之孙达瓦齐来推翻喇嘛达尔札，妄图使他们取而代之，建立傀儡政权，阴谋未能得逞。后达瓦齐和阿睦尔撤纳叛逃至哈萨克，喇嘛达尔扎即派兵前往擒拿，同年底，阿睦尔撒纳唆使达瓦齐“铤而走险”，暗选精兵1500名，昼伏夜行，由达勒奇岭山路间道赴伊犁，采取买通内奸和突然袭击的手段，杀死喇嘛达尔扎，篡夺了汗位。

达瓦齐为汗后，为表彰阿睦尔撒纳所立汗马功劳，将塔尔巴哈台牧地赐之。对清朝则采取归附态度。但他是个平庸无能之辈，终日饮酒作乐，荒淫无度，不理政事，使得准噶尔人人嗟怨，故归降的纳默库济尔噶乘机起事，进行攻伐，欲取而代之。达瓦齐在阿睦尔撤纳的帮助和策划下，粉碎了夺权活动，杀害其政敌。但阿睦尔撒纳亦是个阴谋家、野心家，对准噶尔汗位早就觊觎，因其非准噶尔直系，得不到贵族支持，故以拥立达瓦齐为名，积极培植个人势力，抢夺地盘，妄图取而代之。

1753年（乾隆十八年），阿睦尔撒纳公开向达瓦齐提出要求与他划分厄鲁特诸部，遭拒绝后，即掠夺伊犁北部鄂毕特鄂托克3000户。达瓦齐曾多次出兵征讨阿睦尔撒纳皆为所败。

1754年（乾隆十九年），达瓦齐亲率兵马3万直至额尔齐斯河，继续进行征伐，阿睦尔撤纳不敌，陷于绝境，被迫投向清朝。

准噶尔统治集团的内讧和残暴统治，使西域人民遭受很大苦难，牲畜大量死亡，土地牧场荒芜，生产遭到严重破坏，不少牧民家破人亡，流离失所，一片凄惨景象。天山南北各民族人民纷纷进行反抗，或反叛逃亡，或投奔清朝。大批厄鲁特部众离开了准噶尔地区。其中规模较大的有：1750年（乾隆十五年），准噶尔宰桑萨喇尔反对达瓦齐，率部众千余户内附；1753年（乾隆十八年），杜尔伯特台吉车凌、车凌乌巴什、车凌孟克率部众3100多户，15000余人内附，同年八月，辉特部阿睦尔撤纳和其它宰桑、台吉，“挈数万众屯内汛”。

当时全国形势已趋统一，只有西北地区还在准噶尔贵族的统治和扰乱之中，各民族人民都希望全国能够迅速统一起来，实现和平安定的局面，清朝政府为顺应这种要求和历史的发展，一直为统一西北作积极准备。厄鲁特三车凌和阿睦尔撒纳的内附，使清朝得知准噶尔内讧和互相残杀以及达瓦齐众叛亲离的情况。清政府认识到，准噶尔统治势力不消除，西北和北部蒙古族地区一日不得安宁，国家的统一也无法实现，故决心乘势出兵西域，完成最后统一西北大业。清政府采纳阿睦尔撒纳建议，决定在第二年牧区青草缺乏时进军。

1755年（乾隆二十年）二月，清军兵分两路，北路由班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军；西路命永常为定西将军，萨喇尔为定边右副将军。北路军由乌里雅苏台、西路军由巴里坤向伊犁地区进发。两路拥军5万，马14万匹，声势浩大。由于厄鲁特人民和西域各族人民对准噶尔贵族的内讧和残暴统治，早就深恶痛绝，希望早日实现和平统一和安定的局面，也由于清朝政府制订和贯彻了对准噶尔比较稳妥的政策，因而清政府统一西北的行动，受到牧民和各族人民的支持和拥护。当清军往征达瓦齐途中，准噶尔“大者数千户，小者数百户，携酮酪，献羊马、络绎道左，行数千里，无一人抗颜者”。内附的准噶尔将领也从军效力，协同作战，出现不少动人事迹。如同年五月，夜袭格登山，以准噶尔喀喇巴图鲁阿玉锡为首的25个勇士打得达瓦齐1万人仓惶逃遁，俘虏7000人凯旋而归，得到清政府的嘉奖。达瓦齐仅带亲信70余人逃往天山以南，为乌什城阿奇木伯克霍吉斯擒获送交清军。

清朝政府顺利统一西北后，论功封赏阿睦尔撒纳为双亲王，萨喇尔为一等超勇公，霍吉斯为郡王。与此同时，清政府对厄鲁特蒙古采取“众建以分其势”的政策，以防厄鲁特统治势力东山再起，乃封阿睦尔撒纳为辉特汗班珠尔为和硕特汗，车凌为杜尔伯特汗，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗。但阿睦尔撤纳并不满足于这种安排，其为人“狠戾险阻”，野心勃勃，早就觊觎准噶尔汗位，尽管清朝封其为双亲王，权势倍增，但他欲壑难填，分裂割据的野心日益暴露。1755年夏，他唆使同党袭击清军台站哨所，围攻驻军将领，占据伊犁，树起叛旗，使西北已经统一的形势又遭破坏。

阿睦尔撒纳叛清后，清政府一方面重新策封厄鲁特四部汗位，另方面兵分两路，向阿睦尔撒纳发起进攻，迫使他东奔西窜，无法立足，败逃哈萨克地区。他为取得沙俄支持，实现自己的政治野心，要求沙俄出兵保护和进攻清军，为其网罗残余势力，承认其为准噶尔总汗。沙皇和殖民当局也为其出谋划策，要他加入俄国国籍，保证支持他当准噶尔总汗。清政府对他的政治野心早有所察觉和防范，一方面对其后台沙俄采取坚决斗争的态度，另方面，又果断地进行严厉的军事征伐。

由于阿睦尔撒纳掀起的叛乱，违背历史发展的趋势和各族人民的共同愿望，使准噶尔地区重新陷入“内乱频仍”、“群遭涂炭”的境地，因而受到各民族人民的反对，同时也引起准噶尔许多上层贵族的不满和抵制，而处于众叛亲离，极端孤立的境地。

1757年（乾隆二十二年）七月，阿睦尔撒纳逃入哈萨克地区，在哈萨克首领阿布责追捕下，只身带了七八人逃入俄占区谢米巴拉丁斯克要塞，于九月得痘身亡。

从康熙三次亲征噶尔丹至乾隆出兵擒获达瓦齐统一西北及平定阿睦尔撒纳之乱，前后共达70年。在客观上，不仅安定了社会秩序，而且避免蒙古分裂的危险，打击了沙俄的侵略势力，捍卫了祖国的边疆，促进各民族大家庭的巩固和发展。当时参加斗争的，有来自全国各地的蒙、汉、满、锡伯、达斡尔、维吾尔等各民族人民，他们跋山涉水，横渡沙漠，战胜严寒酷暑，历尽艰难困苦，英勇战斗，为统一祖国西北边疆立下汗马功劳。特别是蒙古族人民积极支持了清政府统一西北的斗争，他们之中很多人还参加清军戍边，在保卫和开拓祖国西北边疆中作出了重要贡献。

四、蒙古族地区的行政建置和盟旗制度

清朝统一漠南，喀尔喀和漠西三大蒙古各部后，在政治和军事上对蒙古进行了重大的改革，实行盟旗制度和军府制度。它一方面采取联盟政策，充分利用蒙古的力量来为其统一中国和巩固统治服务，清政府设立理藩院，专门处理对蒙古（包括新疆、西藏）的事务，负责制·订和研究贯彻对蒙古的政策；另方面，又采取防御和削弱蒙古力量政策，把蒙古族列入以满族统治阶级为核心的政治行政体制，建立直辖中央的军事机构。在蒙古地区，清政府直接派遣将军、都统和大臣等官吏，进行监督和行政控制。在漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古相继设立将军、都统（副都统）、总管、大臣，用以加强对蒙古的统治。这些官吏大多是满人，一般都是·皇亲国戚，少数为蒙古人。他们有很大权力，所有蒙古贵族都要受其节制和调遣。清朝在漠南除盛京将军，黑龙江将军、吉林将军直控今哲里木蒙古地区外，设有绥远城将军、热河都统、察哈尔都统、呼伦贝尔副都统、安北将军、左卫将军等，在喀尔喀蒙古地区设有定边左副将军（或称乌里雅苏台将军）、科布多参赞大臣、库伦办事大臣，其下又按需要设有多名都督、副将军和参事等职务。在青海设西宁办事大臣。在宁夏、陕甘地区有宁夏大臣直控阿拉善蒙古，设陕甘总督直控额济纳蒙古。清朝在新疆设伊犁将军，其下设乌鲁木齐都统、塔尔巴哈台和喀什噶尔参赞大臣与领队大臣等等。

清朝为进一步削弱蒙古力量，加强对蒙古人民的直接统治，在广大蒙古地区实行盟旗制度，盟旗制度主要内容，包括封爵、编佐、置旗、设盟、置官等几个方面，基本上是在蒙古原有政治制度的基础上建立起来的，但其性质已有了变化。旗本是蒙古鄂拓克中一种军事组织形式，后成为蒙古封建主政权组织，清朝利用此形式，一方面作为清朝赏赐给蒙古贵族的封建领地，另方面，又是清政府在蒙古地区设置的相当于县级的行政区域单位，直接为清朝统治蒙古服务。

清朝对蒙古各部进行编旗，小部落合为一旗，大部落分为数旗。各旗互不统属。每旗设札萨克（旗长）一人管理旗务。旗下基层组织为佐、凡年满18岁至60岁者要编入册。每150人编为一佐。喇嘛可免入册。平时三分之一牧民要服役；三分之二牧民搞生产。佐的头领称佐领，主要负责差役调遣工作。札萨克为世袭制，其下官员设协理台吉、章京、参领、佐领、骁骑校等官职，分工管理旗内的军事、司法、行政、土地等。旗的上层组织为盟，盟设盟长和副盟长各一人，从各旗的札萨克中产生，由理藩院奏报清政府任命。盟长的主要职责为会同各旗礼萨克处理大事务，接受上诉和会审案件，检阅各旗军事力量。

清政府在内蒙古地区实行盟旗制度过程中，除将察哈尔部编为直属于清政府的八旗外，于24部中，共建立49旗，6个盟，其名称为：科尔沁部6旗，札责特部1旗，杜尔伯特1旗，郭尔罗斯2旗，属哲里木盟；敖汉旗，奈曼旗，巴林部2旗，札鲁特部2旗，阿鲁科尔沁部1旗，翁牛特2旗，克什克腾部1旗，喀尔喀左翼旗，属昭乌达盟；喀喇沁部3旗，土默特部2旗，属卓索图盟；乌珠穆沁部2旗，浩齐特部2旗，苏尼特部2旗，阿巴噶部2旗，阿巴哈勒尔部2旗，茂明安部1旗，乌拉特部3旗，喀尔喀右翼部1旗，属乌兰察布盟；鄂尔多斯部7旗。属伊克昭盟。

外蒙古喀尔喀蒙古附清后，在康熙、雍正年间曾数度编为盟旗制。

1759年（乾隆二十四年），在外蒙地区，将喀尔喀蒙古及西蒙古诸部正式编制，计：土谢图汗部20旗，属汗阿林部；三音诺颜部22旗，厄鲁特2旗，属齐齐尔巴克盟；车臣汗部23旗，属克鲁伦巴尔和屯盟；札萨克图汗部18旗及辉特部1旗，属札克必拉色钦比都哩雅诺尔盟。

1725年（雍正三年），青海蒙古正式编旗共置西蒙古和硕特、绰罗斯、辉特、土尔扈特等部28旗，喀尔喀部及诺门罕1旗，为1盟，由西宁办事大臣兼任盟长。

1771年（乾隆三十六年），原先迁往中亚伏尔加河流域的土尔扈特部，在其首领渥巴锡的率领下，回归祖国故土伊犁河流域，受到清政府的热情接待，把他们安置在今新疆天山南北，并编旗设盟：在今新疆巴音格楞蒙古族自治州境内的旧土尔扈特部4旗，为南路乌纳思索珠克图盟；今和布克赛尔蒙古自治县境内的3旗，为北烙乌纳恩索珠克盟；今乌苏县境内的2旗，为东路乌讷恩素珠克盟；今博尔塔拉蒙古族自治州境内的1旗，为西路乌讷恩素珠克盟。此外，新土尔扈特2旗，为青塞特奇勒图盟；和硕特3旗，为巴图塞特奇勒图盟。

在西套蒙古地区也建立了旗制。阿拉善地区和硕特蒙古，于康熙年间建立札萨克旗；额济纳地区亦建立了札萨克旗，皆不设盟。

乾隆年间，杜尔伯特三策凌率部南附清朝后，于1754年（乾隆十九年），建左翼1旗，辉特1旗，为赛因济雅哈图左翼盟；又建右翼3旗，辉特1旗，为赛因济雅哈图右翼盟。

蒙古族地区盟旗制度的建立，是清朝政府在政治上的一大改革，较之我国历史上某些强大的封建王朝，对各民族地区所实行的羁摩政策，有很大的不同。历史上，中原王朝政府往往在民族地区建立都督府州，表面上隶属于中原王朝，实际上，中原王朝大多并未进行直接统治，而是委派本民族的头领为都督来统治，没有改变民族地区原有的政权机构、组织形式和政治制度，对其内部事务不加干预，仍由本民族的各级酋长来统治，实际上保留着原有民族政权独立或半独立的状况。