清朝在1751年（乾隆十六年）建立噶厦，授权达赖七世掌政的同时，还在策楞拟定的“西藏善后章程”中规定，西藏地方官员的选放、革除，须禀明达赖喇嘛和驻藏大臣决定；对原来颇罗鼐父子掌政时期私放的冗员予以裁革；对原来各级官员未经许可，私派乌拉差役，明令禁止；原属珠尔默特管辖的藏北达木八旗、三十九族等地，划归驻藏大臣直接管辖。可见清朝在加强驻藏大臣的权力方面，亦作了明确的规定，借以防止地方政府的高级官员擅权滋事。
五、清军反击廓尔喀军入侵后藏
1791年（乾隆五十六年），西藏发生了廓尔喀人大举入侵的事件。
廓尔喀是尼泊尔王国的一个民族，18世纪中叶，廓尔喀族的统治阶级统治了尼泊尔后，不断向外扩展势力。
1788年（乾隆五十三年）五月，廓尔喀人以西藏增课商税为名，侵占了后藏边境上的吉隆、聂拉木、宗喀（今属吉隆）三地。清朝闻悉后，立即派理藩院侍郎巴忠赴藏查办，同时派兵3000人入藏，当年冬，清军抵达拉萨。廓尔喀统治者慑于清军入藏，派出不久前投奔廓尔喀的噶玛噶举派红帽十世·却朱嘉错（汉文史籍作“沙玛尔巴”，意为红帽僧人）求和。巴忠为求苟安，派总兵官穆克登阿，噶厦派噶伦丹津班珠尔（噶厦首任噶伦多仁·班智达之子），会同红帽十世，与廓尔喀头人私下议和，许诺每年给廓尔喀白银9600两，廓尔喀人遂退还吉隆等3地。实则此事并未得到达赖八世·强白嘉措的批准，“其办理错误，实系巴忠一人之罪”。
红帽十世·却朱嘉错系班禅六世·贝丹意希（1738—1780）之同母异父弟。班禅六世于1780年（乾隆四十五年）七月赴内地庆贺高宗70寿辰，高宗为班禅六世建须弥福寿寺于热河承德（今属河北省）。同年十月，班禅六世因出痘在北京圆寂。高宗及王公大臣赠送大量膊仪，悉数由班禅六世另一兄仲巴呼图克图携归扎什伦布寺。红帽十世提出分润这笔为数巨大的资财，仲巴呼图克图以教派不同而予拒绝，红帽十世遂于1788年投奔廓尔喀，唆使廓尔喀统治者入侵后藏，抢掠扎什伦布寺的财富。
1791年（乾隆五十六年）七月，廓尔喀人以西藏地方当局不履行和议规定付给赔偿银两为由，大举进犯后藏地区，再次占据吉隆、聂拉木等地，虏走噶伦丹津班珠尔。驻藏大臣保泰、雅满泰奏报清廷，高宗核查事件原委，是年八月，巴忠畏罪自杀。
廓尔喀在占据吉隆、聂拉木等地后，又直袭扎什伦布寺。此前，驻藏大臣保泰已将班禅七世·丹贝尼玛（1781—1853）护送到拉萨，在布达拉宫居住。廓尔喀人到达扎什伦布寺，仲巴呼图克图逃走，扎什伦布寺财物被廓尔喀入侵者洗劫一空。
同年冬十月，高宗派福康安、海兰察率军自青海进藏，连同自四川一路进藏的清军及藏内官兵，前后共有17000余人开赴前线。清军攻势凌厉，进展快速，到1792年（乾隆五十七年）四月，已攻至廓尔喀边界，将侵藏廓军驱逐出境。五月，福康安又率军攻入廓尔喀境内。廓尔喀国王认罪乞和，被福康安拒绝。七月，清军逼近廓尔喀首都阳布（今加德满都），廓尔喀王一再乞降，并送还过去西藏与廓尔喀订立的赔款“条约”及廓尔喀掠夺扎什伦布寺的多种贵重物件，还将沙玛尔巴的尸骨以及沙玛尔巴的妻女送交清军。
清军攻至阳布附近时，已是深秋季节，其间又受到廓军的顽强抵抗，阵亡将士多人，福康安担心大雪封山，撤军受阻，经向高宗请示，高宗同意，接受廓尔喀投降。九月，清军全部撤出廓尔喀，回到西藏。清军班师后，即着手处理善后事宜。首先，清朝下令废止噶玛噶举派红帽系活佛的转世，原属红帽十世·沙玛尔巴的羊八井寺转属黄教济咙呼图克图管辖。班禅六世之兄仲巴呼图克图解往北京治罪。至此，清史上被称作高宗“十全武功”之一的反击廓尔喀入侵西藏事件，以清军的胜利而告结束。
六、“藏内善后章程”的制定
在反击廓尔喀入侵西藏事件之后，清朝鉴于西藏地方制度废弛，弊端很多，官吏贪污渎职，更为普遍，以致强敌临境，无力抵御，决定利用这次驱逐廓尔喀侵略者，远扬兵威的契机，大力整顿西藏地方的吏治，妥立善后章程，以期永远遵循。
1792年（乾隆五十七年）福康安班师返抵拉萨后，即会同西藏地方的有关人员共同议定条例，当时达赖八世·强白嘉措（1758—1804）在廓尔喀入侵战乱之余。对清朝在西藏地方制定章程法制，表示了衷心的拥护和感戴。次年（1793），所有议定的条例，经清朝审订后，正式颁行，即历史上著名的“藏内善后章程二十九条”。
章程详细地规定了驻藏大臣的地位和职权。明确指出驻藏大臣监督办理西藏事务，地位与达赖、班掸平等；达赖、班禅和各地黄教呼图克图的转世，要由驻藏大臣监督履行“金瓶掣签”的手续以正式认定；地方政府中噶伦以下大小文武官员，一律由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选人员，奏请清朝任命，官员的升迁赏罚，必须呈报驻藏大臣批准；地方政府处治罪犯，要呈报驻藏大臣备案；官家、贵族和寺院所属封地范围内的人口户籍，须造具花名清册，送交驻藏大臣和达赖喇嘛处各存一份，以资稽查。
在国防方面，章程规定了地方常备军的制度。藏军定额3000人，分驻拉萨、日喀则（各1000人）和江孜、定日（各500人）等地。同时还规定了地方官员的编制、粮饷、赏罚等制度。
章程确定了外事权集于清朝，有关西藏对外一切交涉事宜，统归驻藏大臣全权处理。毗邻国家写给达赖、班禅的信件，必须报请驻藏大臣查验，然后由驻藏大臣代为酌情回信；噶伦人等一律不准私自与外方藩属通信。章程还规定外国侨商旅藏期间，必须持有驻藏大臣发给的执照，办理登记手续；外商入藏贸易，更须按照规定的次数和期限，由指定的关卡来往，并须接受查验。
在财政、金融方面，章程规定设置专门机构，监督铸造银币，统一货币的成色和折算比价。章程还规定了西藏地方的赋税和收支，统归驻藏大臣稽查总核；全藏差税的增减和各地储备粮饷的数目，亦由驻藏大臣统一核定安排。
“藏内善后章程二十九条”的颁行，标志着清朝在西藏施政发展到了最高阶段。章程全面而具体地贯彻了清朝对西藏的统治权，事无巨细，均以文字的形式肯定下来。章程在客观上起到了加强发展中央政权和西藏地方政权，祖国各民族人民与藏族人民之间的亲密关系的积极作用，对巩固国防、安定西藏的社会秩序、减轻藏族人民的负担及发展藏族人民的生产和建设等方面，亦起到了促进的作用。
第四节清朝前期西北、西南地区的藏族
一、罗卜藏丹津乱事的平定
罗卜藏丹津是固始汗幼子达什巴图尔之子，1714年（康熙五十三年）袭封为亲王。在青海“和硕特八台吉”中，罗卜藏丹津是唯一的亲王，地位最高。
1720年（康熙五十九年）清朝进军西藏驱逐准噶尔部，罗卜藏丹津作为青海和硕特部王公之一，随清军入藏。
清朝平息入侵西藏的准乱之后，曾随清军入藏的青海和硕特部的其他领袖人物，也受到清朝的奖励。其中，察罕丹津（固始汗五子伊勒都齐之孙）受封为亲王，此举对罗卜藏丹津在青海和硕特部的权势有所削弱。这也是清朝遏制罗卜藏丹津图谋恢复和硕特部在西藏的统治，由他继任汗位的野心而作出的相应对策。
1723年（雍正元年），罗卜藏丹津胁迫青海和硕特部诸台吉会盟，勒令诸台吉称他为“达赖混台吉，其余台吉俱令呼旧日名号，一概不许称呼王、贝勒、贝子、公封号”，公开发动反清叛乱。
靓事发生后，罗卜藏丹津首先攻击青海和硕特部臣服于清朝的察罕丹津亲王，察罕丹津不敌，接连败退到河州（今甘肃省临夏市）、兰州。世宗担心罗卜藏丹津与准噶尔部策妄阿喇布坦相勾结，又顾虑罗卜藏丹津引兵入藏，如不及时平息乱事，后果将是极其严重的。
1723年（雍正元年）十月，清朝以年羹尧为抚远大将军，延信为平逆将军，岳钟琪为奋威将军，率军征讨罗卜藏丹津。年羹尧率大军驻西宁，又作出重要的战略部署，命令叉木多（昌都）总兵官周玻率兵截断罗卜藏丹津入藏之路；命靖逆将军富宁安驻防吐鲁番，并在布隆吉尔（今甘肃省安西县境）驻军2000名，截断罗卜藏丹津联准之路。西藏方面，康济鼐、颇罗鼐积极配合清军的平叛行动，颇罗鼐率军远征青海南部原属罗卜藏丹津的一些地区，并留驻该地，直至次年春叛乱平息后，才撤回西藏。
在清军的围剿和严密防范下，罗卜藏丹津的乱事于1724年（雍正二年）春平息。当年二月，清军分三路向退走柴达木的罗卜藏丹津残部进剿，罗卜藏丹津携妻妾及少数随从西逃准噶尔部。罗卜藏丹津于1755年（乾隆二十年）清军讨伐准噶尔部时出降，后被押送北京，高宗赦免其死罪，留住北京，实则软禁。其二子均被授予蓝翎侍卫的官职。
罗卜藏丹津乱事平定后，清朝于1725年（雍正三年）在西宁设置办事大臣（见本章第三节），管辖青海境内的藏族和蒙古族地区，主要职责是监督和限制藏族和蒙古族统治阶级之间的联系；控制青海和西藏之间的茶粮交易；协助并支援驻藏大臣（1728年设）派兵驻防、筹办粮饷、驿路运输等事宜。
为了达到“分而治之”的目的，罗卜藏丹津乱事平定后，清朝将青海地区的藏族绝大部分限制在黄河以南，而将黄河以北，划定为蒙古族居住的地区。黄河以北虽有部分藏族聚居，但因这里距内地较近，便于直接控制，故未作行政上的变动。清朝还将现今甘肃省境内的藏族，分别置于内地各级行政建制下管辖。
二、清朝镇压大小金川土司
现今四川、云南两省藏族地区的行政建制是在青海罗卜藏丹津和西藏阿尔布巴乱事平定后，经过调整而确立的。
四川总督除治理辖区内的藏族事务外，还要协助驻藏大臣筹办军械，轮派驻藏军队，节制由内地经康、卫、藏，直到边境的驿站交通，每年输入西藏的数百万斤雅安边茶的生产，亦由四川总督直接控制。
滇西北的中甸、维西等地，清政府先后在1724—1727年（雍正二至五年）建立中甸厅和维西厅，属鹤庆府，1756年（乾隆二十一年）改属丽江府管辖。德钦旧称阿墩子，原属维西厅。今迪庆藏族自治州辖中旬、维西、德钦三县，基本上沿袭了清朝前期的行政建制。
清朝前期陆续加封了川、康一带的藏族土司，其中较为著名的有明正宣慰司（今四川省甘孜州康定县）、瞻对安抚司（今四川省甘孜州新龙县）、绰斯甲安抚司（今四川省州金川县北）、巴里两塘正副宣抚司（今四川甘孜州巴塘、理塘县）、德格宣慰司（今四川甘孜州德格县）、梭磨宣慰司（今四川阿坝州马尔康县）、金川安抚司（今四川阿坝州金川、小金县）等。这些土司分属四川总督以下各级官员节制，按规定要向清朝承担一定的封建义务，在各土司的辖区内，均有指定的地点进行贸易。
清朝对西南地区的藏族、最感棘手的是大小金川土司，曾两次用兵暴力镇压。
乾隆初年，大金川土司莎罗奔和小金川土司泽旺发生矛盾，同时，莎罗奔和明正土司也有土地纠纷。清朝派兵前往弹压，莎罗奔举兵反抗。高宗为了炫耀兵威，于1747年（乾隆十二年）调兵遣将进攻大金川。莎罗奔构筑碉堡，步步为营，使进攻的清军遭受重大损失。高宗诛作战失利将领张广泗、讷亲，派傅恒为主帅，直至1749年（乾隆十四年），莎罗奔兵败，被迫投降。
事过20余年后，1771年（乾隆三十六年）大金川土司索诺木（莎罗奔侄孙）和小金川土司僧格桑（泽旺子），再次发动反抗清朝的斗争。清朝用兵5年，花费白银7000万两，损兵折将无算，大学士温福战死，主帅几经更换，至1776年（乾隆四十一年）始压服了大小金川土司的反抗。随后，清朝在金川地区屯垦驻军，以防再生事变。
清朝以军事镇压的手段征服大小金川的藏族，反映了清朝民族压迫政策的一个方面。这次事件给当地藏族人民的生产、生活等方面都带来了严重的影响。具有讽刺意味的是高宗竟把这两次镇压行动，吹嘘成他的“十全武功”的两个组成部分。
清朝在西北、西南的藏族地区，还普遍地分封了一批藏传佛教的活佛，其中主要是黄教教派的活佛。如甘、青地区的塔尔寺、佑宁寺、拉卜楞寺，康区的昌都、察雅、类乌齐、德格等地的黄教及其它教派的活佛，均曾分别受到加封，并授予他们掌握当地一定的行政权力。但与西藏相比较，在僧人数目、权力范围和承担封建义务的程度等方面，清朝都作了较为严格的控制和规定。
清朝对邻近内地的藏族地区的施政，明显地要比西藏严格。总结清朝前期对全国藏族地区的施政，其中主要的部分，即具有重大政治意义和起到积极作用的部分，无疑必须加以肯定，然而也必须看到应该予以批判和否定的部分，后一部分是由清政府的阶级本质所决定的。因为清政府是代表满、汉族封建统治阶级利益的中央集权政府，它对藏族地区的各项施政措施，无不贯穿着大民族主义的民族歧视、民族压迫的反动内容。
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